Nach der gesicherten Meisterschaft in der Bayernliga Süd sollen die Phoenix im Jahr 2016 in der Bayernliga Nord starten. Nicht nur neue Stadien und neue Gegner, sondern auch der ein oder andere Abgang eines Spielers sorgte für große Spannung vor der Saison. Dennoch war das Ziel fest vorgeschrieben: Der Aufstieg in die Regionalliga. Früh zeigte man, dass der Gewinn der Meisterschaft nur über Regensburg führen würde. Die ersten sechs Spiele gewann man und verschaffte sich so die Favoritenrolle in der Liga. Mit dem Sieg in letzter Minute gegen Erlangen oder die Machtdemonstration gegen Mitkonkurrent Würzburg sorgten die Phoenix zudem für höchste Unterhaltung. Jedoch führten Nachlässigkeiten im eigenen Spiel zu zwei Niederlagen in Folge und so auch zu einer nicht mehr geglaubten Spannung im Titelrennen. Mit dem Showdown in der Heimat gegen Würzburg konnte man sich aber durch einen erneuten Sieg schließlich fangen und Meisterschaft der Bayernliga Nord sichern. Regensburg Phoenix war somit die erste Mannschaft der es gelungen war, sowohl die Meisterschaft der Südliga für sich zu entscheiden als auch die der Nordliga.
In den Playoffs lief es dieses Jahr zunächst besser und man zog mit einem souveränen Sieg ins Finale ein. Dort sollte man auf die bereits bekannte Mannschaft aus Würzburg treffen. Mit viel Selbstvertrauen jedoch mit geschwächtem Kader begann man stark und führte bereits 14:0, ehe sich das Blatt zu wenden begann und Würzburg die stark verletzungsgeschwächte Mannschaft der Phoenix im Finale letztendlich besiegte. Groß war die Enttäuschung, der Wille jedoch ungebrochen.
